Créé par la loi du 28 pluviôse an VIII (17 février 1800), le Conseil de préfecture est chargé de juger les conflits entre l'administration et les particuliers. Cette juridiction administrative statue sur le contentieux des élections, des collectivités locales, des contributions directes, des travaux et domaine public. Ses attributions ne se limitent pas au domaine contentieux, ses compétences d'ordre consultatif envers le préfet et ses fonctions de tutelle administrative n'étant nullement négligeables.
Le fonds se compose d'enregistrement et de dossiers des affaires contentieuses, de réclamations relatives aux contributions, de procès-verbaux de séances, d'arrêtés du préfet, de décisions et avis du conseil.
En matière de contentieux, le Conseil de préfecture statue sur les réclamations de particuliers au sujet de la propriété ou de l'usage des biens ; il intervient en cas de litige sur des travaux publics.
Chargé de régler et d'apurer les comptes des communes, hospices, fabriques, il est compétent en cas de malversations en matière comptable. Il intervient dans le contentieux électoral et également dans les litiges relatifs aux voies de communication (routes, rivières, chemins de fer) statuant sur les dégradations, les extractions de matériaux et les occupations de terrain. Il intervient dans la police du roulage, les contraventions en matière de grande voirie, les alignements et autorisations de construire.
Le décret du 30 décembre 1862 institue la publicité des audiences et décisions ainsi que le droit des parties ou de leur mandataire à présenter leurs observations, dispositions confirmées par la loi du 21 juin 1865 qui réorganise les Conseils de préfecture.
Les décrets-lois des 6 et 26 septembre 1926 suppriment les Conseils de préfecture dans les départements leur substituant les Conseils de préfecture inter-départementaux. Cette fonction est dévolue aux tribunaux administratifs par décret du 30 septembre 1953.