Distincte du secteur de l'entretien des rivières, de l'irrigation et des aménagements hydrauliques (soussérie 7 S), la sous-série 3 S porte sur le contrôle de la navigation et des aménagements liés à celle-ci sur les rivières navigables, la Dordogne, la Vézère, la Corrèze, la Luzège et la Maronne. Le flottage des bois était surtout développé sur la haute Dordogne, depuis les environs de Bort-les-Orgues et d'Argentat. De même, la Dordogne, principale rivière navigable en Corrèze, bénéficiait du trafic commercial des gabares qui donnait lieu à des aménagements portuaires. L'établissement de convois de merrains, l'utilisation des bateaux marchands, les travaux sur les rives faisaient l'objet d'autorisations et de rapports des ingénieurs des Ponts et Chaussées. De même, les bateaux de particuliers demandeurs de points d'ancrage donnaient lieu à autorisations. Enfin, les passages d'eau entraient eux aussi dans les procédures de contrôle de la navigation. Nombreux en raison du faible nombre de ponts, les bacs étaient depuis leur nationalisation dans les années 1820 affermés au plus offrant. Les adjudicataires prélevaient les droits de péages et avaient en charge l'entretien du bateau qui était propriété de l'État.

Les dossiers des services de la préfecture, classés par rivière, portent principalement sur les autorisations données aux transporteurs et propriétaires de bateaux, sur les procédures d'adjudication, les visites des passages d'eau.

Ceux des ingénieurs des Ponts et Chaussées concernent plus directement les travaux et les aménagements des barrages, des digues, des passages et des ports, les réclamations et indemnisations, ou encore les statistiques de la navigation. Les projets de 118 canaux établis au XIXe siècle ont eux aussi laissé des dossiers, essentiellement dans le fonds de la préfecture.

Ces projets de canaux de la Dordogne à la Loire, ou bien de la Loire à la Gironde, devaient relier la Corrèze et la Vézère aux fleuves et rivières environnants dans le but de favoriser les échanges et la production intérieurs. Le développement du chemin de fer eut raison de cette ambition qui ne s'éteignit qu'au début du XXe siècle avec le projet de jonction de la Loire et de la Garonne. Le fonds des ingénieurs en chef contient enfin les dossiers de la police de la pêche, dont l'administration des Ponts et Chaussées mit progressivement en place la réglementation.